Cytoscape是一款圖形化顯示網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行分析和編輯的軟件，支持多種網(wǎng)絡(luò)描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文檔或Microsoft Excel文件作為輸入，或者利用Cytoscape軟件本身的編輯器模塊直接構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，操作方式便捷。

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功能介紹:

      1、支持多種分析方式，可以選擇分析網(wǎng)絡(luò)。

      2、支持分析節(jié)點(diǎn)的子集、批次分析、加載網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計(jì)信息

      3、繪制參數(shù)、從統(tǒng)計(jì)信息生成樣式

      4、使用可擴(kuò)展對(duì)話框界面顯示網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計(jì)信息

      5、在節(jié)點(diǎn)表中存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)參數(shù)、在邊緣表中存儲(chǔ)邊緣參數(shù)

      6、明亮的顏色映射標(biāo)準(zhǔn) ameters、暗色映射標(biāo)準(zhǔn) ameters、中間顏色映射標(biāo)準(zhǔn) ameters

      7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 網(wǎng)絡(luò)瀏覽器

      8、合并流程、作業(yè)狀態(tài)監(jiān)視器、命令行對(duì)話框、執(zhí)行命令文件

      9、選定的節(jié)點(diǎn)、帶有選項(xiàng)的選定節(jié)點(diǎn)、命令行參數(shù)

      10、Cytoscape 的快速游覽、創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)、嵌套網(wǎng)絡(luò)

      11、支持的網(wǎng)絡(luò)文件格式、節(jié)點(diǎn)和邊列數(shù)據(jù)

      12、風(fēng)格、應(yīng)用程序管理器、命令工具、渲染引擎、導(dǎo)出數(shù)據(jù)

      13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自動(dòng)化

Cytoscape軟件特色

      Cytoscape使用可縮放的用戶界面來導(dǎo)航和查看網(wǎng)絡(luò)。ZUIs使用兩種導(dǎo)航機(jī)制:縮放和平移。縮放根據(jù)用戶想要看到的內(nèi)容的多少或多少來增加或減少視圖的放大

      節(jié)點(diǎn)和邊緣列數(shù)據(jù)

      交互網(wǎng)絡(luò)作為獨(dú)立的模型是有用的。然而，當(dāng)與其他信息結(jié)合在一起時(shí)，它們對(duì)于回答科學(xué)問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點(diǎn)、邊緣和網(wǎng)絡(luò)信息作為節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中

      Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應(yīng)用程序擴(kuò)展。它們可以以各種方式擴(kuò)展細(xì)Cytoscape。一個(gè)應(yīng)用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入數(shù)據(jù)。另一個(gè)應(yīng)用程序可以提供一種分析網(wǎng)絡(luò)的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應(yīng)用程序。大多數(shù)應(yīng)用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發(fā)的。

      如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細(xì)Cytoscape應(yīng)用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應(yīng)用。

使用方法

      Abs -返回一個(gè)數(shù)字的絕對(duì)值。

      ACos -返回一個(gè)數(shù)字的反余弦值。

      反正弦-返回一個(gè)數(shù)字的反正弦值。

      返回兩個(gè)數(shù)字x和y的反正切。

      平均值——返回一組數(shù)字的平均值。

      Cos -返回弧度中給定的角的余弦值。

      返回其參數(shù)的雙曲正弦值。

      計(jì)數(shù)——返回列表中數(shù)字值的數(shù)量。

      度——返回其參數(shù)從弧度轉(zhuǎn)換為度。

      Exp -返回提高到指定數(shù)字的e。

      Ln -返回一個(gè)數(shù)字的自然對(duì)數(shù)。

      Log -返回一個(gè)數(shù)字到指定基數(shù)的對(duì)數(shù)。

      Max -返回一組數(shù)字的最大值。

      中位數(shù)——返回?cái)?shù)字列表的中位數(shù)。

      最小值——返回一組數(shù)字的最小值。

      Mod -計(jì)算一個(gè)數(shù)字的模量。

      返回p值的近似值。

      弧度-返回從度轉(zhuǎn)換為弧度的參數(shù)。

      將一個(gè)數(shù)字四舍五入到指定的小數(shù)位數(shù)。

      Sin -返回以弧度表示的角的正弦值。

      Sinh -返回其參數(shù)的雙曲正弦。

      根號(hào)——計(jì)算一個(gè)數(shù)字的平方根。

      Tan -返回其參數(shù)的Tan值。

      Tanh -返回其參數(shù)在弧度內(nèi)的雙曲正切。

      Trunc -截?cái)嘁粋€(gè)數(shù)字。

      字符串函數(shù)

      連接-連接兩個(gè)或多個(gè)文本。

      Left -返回一個(gè)s字符串的前綴。

      Len -返回字符串的長(zhǎng)度。

      將一個(gè)字符串轉(zhuǎn)換為小寫字母。

      選擇某個(gè)文本的子字符串。

      返回字符串的后綴。

      替換——用其他文本替換某些文本。

      文本——使用Java DecimalFormat類的約定來格式化數(shù)字。

      將字符串轉(zhuǎn)換為大寫。

      值——將字符串轉(zhuǎn)換為數(shù)字。

      邏輯/布爾函數(shù)

      返回任意數(shù)量布爾值的邏輯連接。

      Not -返回布爾值的邏輯否定。

      返回任意數(shù)量布爾值的邏輯分離。

      列表功能

      First -返回列表中的第一個(gè)條目。

      最后-返回列表中的最后一個(gè)條目。

      返回列表中的第n項(xiàng)。

      統(tǒng)計(jì)功能

      最大-列表中第k個(gè)最大的值。

      土地族——一組數(shù)字的幾何平均值。

      HarMean——一組數(shù)字的調(diào)和平均值。

      模式——一組數(shù)字的模式。

      返回正態(tài)分布的pdf或CDF。

      Permut——返回給定數(shù)量的對(duì)象的排列數(shù)。

      標(biāo)準(zhǔn)偏差樣本。

      Var -樣本方差。

      各種各樣的功能

      返回給定數(shù)量的對(duì)象的組合數(shù)。

      If -返回基于布爾值的兩個(gè)選項(xiàng)之一。

      返回列表的字符串表示形式。

      現(xiàn)在-返回當(dāng)前日期和時(shí)間的字符串表示形式。

      返回當(dāng)前日期的字符串表示形式。

用戶評(píng)論

      哪個(gè)服：

      操作挺簡(jiǎn)單的，也比較好用

      部分：

      軟件挺不錯(cuò)的，使用范圍也挺廣泛的